Un inventaire des zones humides a été réalisé par le SYMISOA en 2014 et 2015. Il a permis d'identifier 2 380 ha de zones humides sur le bassin versant. 80% d'entre elles sont des prairies humides pâturées et/ou fauchées. Elles sont ainsi majoritairement entretenues par l'activité agricole.
Les zones humides sont parfois abandonnées par l’agriculture car trop difficiles à exploiter. Elles ont alors tendance à se boiser naturellement. Au fil du temps, cette évolution va assécher la zone humide qui perdra alors ses fonctions naturelles globales.
Le Haut Beaujolais, où se trouvent les sources du Sornin, est considéré comme le château d'eau du territoire, avec plus de 6% de sa surface occupée par des milieux humides (#4% pour le reste du bassin).
L'état de santé des zones humides du bassin est globalement correct : 25% sont en très bon état, 60% sont moyennement impactées par les pratiques en place (piétinement des sols fragiles trop important ou drainage trop prononcé). Seuls 10% des zones humides sont fortement impactées (artificialisées par l'urbanisation, les infrastructures, ou remblayées).
